FAQ Поиск Пользователи Группы Профиль    
   РегистрацияРегистрация  Войти и проверить личные сообщенияВойти и проверить личные сообщения   ВходВход 

Программы

 
Начать новую тему   Ответить на тему    Список форумов www.bio.bsu.by -> Компьютеры и Калькуляторы
Предыдущая тема :: Следующая тема  
Автор Сообщение
Melolontha

цитировать



Зарегистрирован: 28.03.2007
Сообщения: 107
Откуда: Minsk

СообщениеДобавлено: Wed Jan 20, 2010 9:09 am    Заголовок сообщения: Программы Ответить с цитатой

Подскажите, пожалуйста, с помощью какой программы можно создавать 3д модели ферментов. 3d max подойдет? Или есть какие-то свои биопроги? Спасибо!
_________________
Любіце ўсё жывое на зямлі.
Вернуться к началу
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Посетить сайт автора
Ment

цитировать



Зарегистрирован: 23.03.2007
Сообщения: 399
Откуда: Goettingen, Germany

СообщениеДобавлено: Wed Jan 20, 2010 3:31 pm    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Смотря какие у Вас исходные данные. Если просто сиквенс, то вряд ли что-то получиться.
_________________
Вот так!
Вернуться к началу
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Melolontha

цитировать



Зарегистрирован: 28.03.2007
Сообщения: 107
Откуда: Minsk

СообщениеДобавлено: Fri Jan 22, 2010 3:15 pm    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Ment писал(а):
Смотря какие у Вас исходные данные. Если просто сиквенс, то вряд ли что-то получиться.


планируется сделать модель работы ферментов для демонстрации школьникам и студнтам. Чтобы все красиво было в 3д.
_________________
Любіце ўсё жывое на зямлі.
Вернуться к началу
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Посетить сайт автора
Melolontha

цитировать



Зарегистрирован: 28.03.2007
Сообщения: 107
Откуда: Minsk

СообщениеДобавлено: Fri Jan 22, 2010 3:18 pm    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

например, есть фермент ХХХ-аза, воздействуем жесткой температурой (80градусов) и показываем на экране, что меняется в молекуле, ну и в таком духе
_________________
Любіце ўсё жывое на зямлі.
Вернуться к началу
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Посетить сайт автора
E. А. Николайчик
Гость
цитировать






СообщениеДобавлено: Fri Jan 22, 2010 9:27 pm    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

На самом деле, тут два вопроса в одном, причем один сложнее другого:
1. Как изменится структура фермента?
2. Как эту структуру показать?

Ответы:
1. Пока, насколько мне известно, ни одна программа не в состоянии надежно рассчитать структуру белка, а тем более предсказать, как она изменится при изменении условий. Но вам, наверное, это и не требуется. Можно пользоваться экспериментально определенными структурами белков, хранящимися в Protein Data Bank, причем, хорошо поискав, можно найти структуры одного белка в разных условиях, что, наверное, и нужно в данном случае.

2. Файлы с координатами атомов белков из PDB позволяют показывать структуры любой степени красивости при помощи специальных программ, которых есть несколько. К сожалению, я пользовался только одной (RasMol), причем очень давно. Программа эта до сих пор доступна, делает она все, что необходимо, но самые "вкусные" команды (например, для выделения фрагмента структуры) подаются через командную строку...
Вернуться к началу
Ment

цитировать



Зарегистрирован: 23.03.2007
Сообщения: 399
Откуда: Goettingen, Germany

СообщениеДобавлено: Sat Jan 23, 2010 12:21 am    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Попробуйте посмотреть тут http://en.bio-soft.net/3d.html и тут http://www.umass.edu/microbio/rasmol/othersof.htm Я сам не шарю в этих программах, хотя тоже однажды довелось с RasMol поработать, но это было только в рамках практического курса... Думаю, при желании можете найти то, что Вам подойдёт.
_________________
Вот так!
Вернуться к началу
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Melolontha

цитировать



Зарегистрирован: 28.03.2007
Сообщения: 107
Откуда: Minsk

СообщениеДобавлено: Sat Jan 23, 2010 10:26 am    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Спасибо, буду разбираться!
_________________
Любіце ўсё жывое на зямлі.
Вернуться к началу
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Посетить сайт автора
Имя
Введите код Введите код "Четыре тысячи шестьсот двадцать один.
Сообщение

Смайлики
Very Happy Smile Sad Surprised
Shocked Confused Cool Laughing
Mad Razz Embarassed Crying or Very sad
Evil or Very Mad Twisted Evil Rolling Eyes Wink
Exclamation Question Idea Arrow
Дополнительные смайлики

 
Показать сообщения:   
Начать новую тему   Ответить на тему    Список форумов www.bio.bsu.by -> Компьютеры и Калькуляторы Часовой пояс: GMT + 2
Страница 1 из 1

 
Перейти:  
Вы не можете начинать темы
Вы можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете голосовать в опросах




Powered by phpBB © 2001, 2002 phpBB Group
Русская поддержка phpBB