+ /     

Биологический факультет БГУ - Кафедра генетики.    

Сотрудники кафедры




Гринев Василий Викторович


Кандидат биологических наук, доцент.








Краткая биография | Педагогическая работа | Дипломные | Научная работа | Публикации | Разработки | Контактная информация

Компьютерные программы для биоинформатики.
TranscriptomicFeatures.
Пакет компьютерных программ, написанных на языке программирования R. Пакет TranscriptomicFeatures предназначен для проведения всестороннего аннотирования молекул РНК. Пакет содержит около 50 оригинальных R-функций, сгруппированных по тем признакам РНК, которые они рассчитывают. Наиболее значимыми из них являются функции по работе с криптическими транскриптами, экзонами и их соединениями после сплайсинга, сохраняемыми интронами, а также регуляторными мотивами. Пакет свободно доступен через репозиторий GitHub.
ORFhunteR.
Пакет компьютерных программ, написанных на языках программирования R и C++. Ключевой задачей, решаемой с помощью пакета ORFhunteR, является автоматическое обнаружение и аннотирование открытых рамок считывания в больших наборах сиквенсов РНК человека, реконструируемых по данным полнотранскриптомного секвенирования (отсюда и название ORFhunteR – identification of the Open Reading Frames by hunting with R codes). В основу решения такой задачи положены алгоритмы интеллектуального анализа данных (Data Mining) и машинного обучения (Machine Learning). Более подробное описание разработки приведено в препринте статьи «Grinev V. V., Yatskou M. M., Skakun V. V., Chepeleva M. K., Nazarov P. V. ORFhunteR: an accurate approach for the automatic identification and annotation of open reading frames in human mRNA molecules», опубликованной в bioRxiv от Cold Spring Harbor Laboratory. Пакет свободно доступен через репозиторий GitHub, инициативу Bioconductor или как обычное Веб-приложение.
RNAexploreR.
Пакет компьютерных программ, написанных на языке программирования R. Пакет RNAexploreR включает в себя ряд оригинальных R-функций, позволяющих проводить анализ структуры, а также предсказывать новые изоформы молекул РНК генов человека. Текущий вариант пайплайна основан на анализе РНК-продуктов гибридного онкогена RUNX1/RUNX1T1 человека. Пакет свободно доступен как Веб-приложение, реализованное по технологии Shiny.
CelNetAnalyzer.
CelNetAnalyzer является простым в использовании пакетом компьютерных программ, написанных на языке программирования Java. Пакет предназначен для проведения топологического анализа больших ненаправленных молекулярных сетей клетки. CelNetAnalyzer управляется с помощью графического интерфейса пользователя. На выходе пакет выдает значения различных топологических индексов, характеризующих состояние сети: degree index, neighbourhood index, clustering index, distance index, centrality index, heterogeneity index, simple cycles, compositional complexity, Shannon information entropy. Сравнительные исследования показали, что CelNetAnalyzer осуществляет все расчеты значительно быстрее, чем конкурирующие программные продукты. Это обеспечено распараллеливанием вычислений, улучшением уже существующих алгоритмов, а также внедрением новых более эффективных алгоритмов анализа. Пакет доступен для некоммерческого использования как свободно скачиваемый архив, содержащий GUI версию программы, исходный код, руководство пользователя и эталонную сеть для тестирования программы. Для корректной работы CelNetAnalyzer требуется JavaTM Platform Standard Edition версии 6 или выше.

Методические руководства и указания.
1) Глушен С. В., Гринев В. В., Куницкая М. П. Методические указания к лабораторным занятиям по курсу «Цитология и гистология». – Минск: БГУ, 2020 г. – 21 с.
2) Глушен С. В., Гринев В. В., Куницкая М. П. Методические указания к лабораторным занятиям по курсу «Цитология и гистология». – Минск: БГУ, 2017 г. – 22 с.
3) Гринев В. В., Романовская Т. В., Кирсанова О. Д., Ильюшенок И. Н., Мигас А. А., Алейникова О. В. Методические подходы к анализу экспрессии химерного онкогена AML1-ETO в лейкозных клетках человека. Методические рекомендации. // Минск: БГУ, 2015. – 71 с.
4) Гринев В. В., Посредник Д. В., Северин И. Н., Потапнев М. П. Генетическая модификация клеток человека с помощью лентивирусной трансдукции in vitro и ex vivo. Методическое руководство. – Минск: БГУ, 2010 г. – 82 с.
5) Глушен С. В., Романовская Т. В., Гринев В. В. Комплексный подход при оценке программируемой гибели (апоптоза) клеток человека. Методическое руководство. – Минск: БГУ, 2009 г. – 43 с.
6) Гринев В. В. Введение в технику полимеразной цепной реакции. Методическое руководство. – Минск: БГУ, 2008 г. – 48 с.
7) Гринев В. В. Введение в технику РНК интерференции. Методическое руководство. – Минск: БГУ, 2008 г. – 48 с.
8) Глушен С. В., Гринев В. В., Куницкая М. П., Титок М. А. Методические указания к лабораторным занятиям по курсу «Цитология и гистология». – Минск: БГУ, 2004 г. – 22 с.
9) Титок М. А., Гринев В. В. Генетика: В шести частях. Часть 4: Взаимодействие генов: Учебно-методическое пособие. – Минск: БГУ, 2003 г. – 30 с.
10) Титок М. А., Гринев В. В. Генетика: В шести частях. Часть 5: Сцепленное наследование признаков и кроссинговер: Учебно-методическое пособие. – Минск: БГУ, 2003 г. – 19 с.
11) Титок М. А., Гринев В. В. Генетика: В шести частях. Часть 6: Картирование хромосом: Учебно-методическое пособие. – Минск: БГУ, 2003 г. – 22 с.
12) Потапнев М. П., Буглова С. Е., Черновецкий М. А., Марцев С. П., Кравчук З. И., Петевка Н. В., Гринев В. В., Белевцев М. В., Мигаль Н. В. Методические рекомендации по оценке гуморального иммунитета при острых лейкозах у детей. – Минск: ГУ РНМБ, 2001 г. – 24 с.

Патенты.
1) Гринев В. В., Посредник Д. В., Северин И. Н., Потапнев М. П. Патент № 17654 "Способ создания бицистронного лентивирусного вектора доставки pHR-CMV-DRep, кодирующего репортерные белки DsRed1 и eGFP". Выдан Национальным центром интеллектуальной собственности, г. Минск, Республика Беларусь, 2013 г.

Внедрения.
1) Яцков Н. Н., Скакун В. В., Гринев В. В., Чепелева М. К. Комплекс лабораторных работ по темам «Основы работы в MATLAB» и «Неиерархические методы кластерного анализа». // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре системного анализа и компьютерного моделирования факультета радиофизики и компьютерных технологий БГУ. – 2019 г.
2) Яцков Н. Н., Скакун В. В., Гринев В. В., Чепелева М. К. Комплекс лабораторных работ по теме «Нейронные сети. Карты Кохонена». // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре системного анализа и компьютерного моделирования факультета радиофизики и компьютерных технологий БГУ. – 2019 г.
3) Яцков Н. Н., Скакун В. В., Гринев В. В., Чепелева М. К. Комплекс лабораторных работ по теме «Стохастические методы поиска». // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре системного анализа и компьютерного моделирования факультета радиофизики и компьютерных технологий БГУ. – 2019 г.
4) Гринев В. В., Ильюшенок И. Н., Саврицкая А. А. Оценка активности промоторных регионов гибридного онкогена RUNX1-RUNX1T1 человека. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре генетики биологического факультета БГУ. – 2018 г.
5) Гринев В. В., Нашкевич Н. Н. Иммунохимические методы определения экспресcии белков в клетках человека, модифицированных с использованием лентивирусных векторных систем in vitro и in vivo. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре экологической химии и биохимии факультета экологической медицины Международного государственного экологического института им. А. Д. Сахарова БГУ. – 2018 г.
6) Романовская Т. В., Ковалевская А. И., Гринев В. В. Реконструкция эволюции семейства генов MTG. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на биологическом факультете БГУ. – 2018 г.
7) Яцков Н. Н., Скакун В. В., Гринев В. В. Метод главных компонент. Нейронные сети и слой Кохонена. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре системного анализа и компьютерного моделирования факультета радиофизики и компьютерных технологий БГУ. – 2018 г.
8) Яцков Н. Н., Скакун В. В., Гринев В. В. Метод опорных векторов. Глобальное выравнивание пар нуклеотидных последовательностей. Алгоритм Нидлмана-Вунша. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре системного анализа и компьютерного моделирования факультета радиофизики и компьютерных технологий БГУ. – 2018 г.
9) Яцков Н. Н., Скакун В. В., Гринев В. В. Основы работы в R. Предварительный анализ больших наборов биологических данных. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре системного анализа и компьютерного моделирования факультета радиофизики и компьютерных технологий БГУ. – 2018 г.
10) Гринев В. В., Романовская Т. В., Кирсанова О. Д., Ильюшенок И. Н., Мигас А. А., Алейникова О. В. Методические подходы к анализу экспрессии химерного онкогена AML1-ETO в лейкозных клетках человека. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре генетики биологического факультета БГУ. – 2015 г.
11) Гринев В. В., Ильюшенок И. Н., Романовская Т. В. Контроль экспрессии онкогенов в клетках человека с помощью коротких шпилечных РНК. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре генетики биологического факультета БГУ. – 2014 г.
12) Гринев В. В., Черепович В. С. Реконструкция и топологический анализ сетей генных регуляций в клетках человека. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре генетики биологического факультета БГУ. – 2014 г.
13) Гринев В. В., Черепович В. С. Реконструкция, топологический и функциональный анализ сети генных регуляций в клетках положительной по негомологичной транслокации t(8;21)(q22;q22) формы острого миелоидного лейкоза человека. // АКТ внедрения в научную практику Государственного учреждения "Республиканский научно-практический центр детской онкологии, гематологии и иммунологии". – 2014 г.
14) Гринев В. В., Ильюшенок И. Н., Романовская Т. В. Контроль экспрессии гибридного онкогена AML1/ETO в клетках положительной по транслокации t(8;21)(q22;q22) формы острого миелоидного лейкоза человека с помощью экспериментальной РНК-интерференции, запускаемой анти-AML1/ETO короткими шпилечными РНК. // АКТ внедрения в научную практику Государственного учреждения "Республиканский научно-практический центр детской онкологии, гематологии и иммунологии". – 2013 г.
15) Гринев В. В., Посредник Д. В., Романовская Т. В. Генетическая модификация клеток человека с помощью лентивирусной трансдукции. // АКТ внедрения в научную практику Государственного учреждения "Республиканский научно-практический центр детской онкологии, гематологии и иммунологии". – 2011 г.
16) Гринев В. В., Посредник Д. В. Генетическая модификация клеток человека с помощью лентивирусной трансдукции. // АКТ внедрения в научную практику Государственного учреждения "Республиканский научно-практический центр гематологии и трансфузиологии". – 2010 г.
17) Гринев В. В., Посредник Д. В., Северин И. Н., Потапнев М. П. Генетическая модификация клеток человека с помощью лентивирусной трансдукции in vitro и ex vivo. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре генетики биологического факультета БГУ. – 2010 г.
18) Романовская Т. В., Гринев В. В. Комплексный подход при оценке программируемой гибели (апоптоза) клеток человека. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре генетики биологического факультета БГУ. – 2010 г.
19) Гринев В. В. Комплексный подход в компьютерном проектировании праймеров для полимеразной цепной реакции. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре генетики биологического факультета БГУ. – 2008 г.
20) Гринев В. В. Проектирование и синтез экспрессионных кассет, кодирующих короткие шпилечные РНК. // АКТ о практическом использовании результатов исследования в учебном процессе на кафедре генетики биологического факультета БГУ. – 2008 г.

Страница обновлена: 07.04.2021 16:46

Расписание 47 автобуса Расписание занятий Следуйте за белым кроликом...

 

Наверх Наверх Наверх 


На главную | © 2003-2021 Л. Валентович, П. Тумилович | Авторские права |