+ /     

Биологический факультет БГУ - Кафедра генетики.    

Сотрудники кафедры




Гринев Василий Викторович


Кандидат биологических наук, доцент.








Краткая биография | Педагогическая работа | Дипломные проекты | Научная работа | Публикации | Контактная информация

Дипломные проекты, предлагаемые Гриневым В. В. студентам очного отделения биологического факультета БГУ, связаны с аналитической транскриптомикой и нацелены на изучение организации и функционирования транскриптомов лейкозных и нормальных клеток крови человека. К участию в этих проектах приглашаются мотивированные студенты, которые предпочитают аналитическую работу экспериментальной, готовы углубленно изучать биологическую статистику, нацелены на освоение разнообразных методов биоинформатики, а также изучение языков программирования R и/или Python и написание собственных программных кодов. Для собеседования необходимо связаться с Гриневым В. В., воспользовавшись контактной информацией, либо обратившись к нему напрямую, посетив кафедру генетики.

Идентификация и аннотация интронов, сохраняемых в транскриптоме лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Краткое описание проекта.
Дипломный проект нацелен на совершенствование алгоритмов идентификации интронов, сохраняемых в зрелых молекулах РНК генов человека, по данным полнотранскриптомного секвенирования и всестороннего описания таких интронов. В проекте запланировано использование данных, получаемых на лейкозных клетках нашими колабораторами из Детского онкологического центра Вульфсона при Ньюкаслском университете (г. Ньюкасл, Великобритания), а также публичных данных по нормальным клеткам крови человека, которые доступны в репозиториях Gene Expression Omnibus, Sequence Read Archive или European Nucleotide Archive. Кроме того, проект предполагает проведение ограниченной экспериментальной работы на базе кафедры генетики по независимой валидации аналитических результатов с помощью качественной, а также количественной полимеразной цепной реакции.
Статус: открыт.

Классификация альтернативных событий сплайсинга, произошедших в транскриптоме лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Краткое описание проекта.
Дипломный проект нацелен на разработку классификатора альтернативных событий сплайсинга относительно эталонных моделей организации генов человека. Проект предполагает использование данных полнотранскриптомного секвенирования, позволяющих идентифицировать все разнообразие событий сплайсинга, произошедших в транскриптоме изучаемых клеток. В качестве эталонных моделей будут использованы модели организации генов человека, доступные в базе данных Ensembl. Далее предполагается разработка классификатора, который позволит отнести идентифицированные события сплайсинга к тому или иному типу (или моде) альтернативного сплайсинга, сопоставляя их с моделями генов человека. Кроме того, предполагается, что идентифицированные события сплайсинга будут всесторонне описываться, а также будет проводиться сравнение разнообразия этих событий в транскриптомах лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Статус: открыт.

Идентификация и аннотация открытых рамок считывания в молекулах РНК генов человека.
Краткое описание проекта.
Дипломный проект нацелен на дальнейшее совершенствование алгоритмов поиска белок-кодирующих последовательностей (открытых рамок считывания) в зрелых молекулах РНК генов человека. Предполагается, что в случае успешной реализации проекта будет разработан комбинированный подход, сочетающий в себе как классические статистические методы, так и алгоритмы машинного обучения в идентификации открытых рамок считывания. Такой подход может быть востребован для автоматического анализа транскриптомов, реконструируемых по данным полнотрансриптомного секвенирования. Кроме того, предполагается, что идентифицируемые открытые рамки считывания будут всесторонне описываться, а также будет проводиться сравнение таких последовательностей в транскриптомах лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Статус: открыт.

Качественная и количественная характеристика событий сплайсинга, детектируемых на уровне зарождающихся РНК генов человека.
Краткое описание проекта.
В настоящее время в молекулярной биологии доминирует представление, что в клетках эукариот (в особенности высших эукариот) процессы транскрипции и сплайсинга сопряжены. Это значит, что молекула РНК подвергается процессингу, в том числе и сплайсингу, сразу же, по мере ее синтеза с участием РНК полимеразы. Такие молекулы РНК называют зарождающимися, или nascent RNA в англоязычной литературе. Изучение закономерностей сплайсинга зарождающихся РНК, как полагают, поможет лучше понять пути формирования зрелых молекул РНК. Предлагаемый дипломный проект нацелен на идентификацию, качественную и количественную характеристику событий сплайсинга, произошедших на уровне зарождающихся РНК в клетках линии Kasumi-1 человека. Кроме того, предполагается, что будет проведено сравнение событий сплайсинга, идентифицированных на уровне зарождающихся РНК, с таковыми, обнаруженными в зрелых молекул РНК этих же клеток. В качестве исходных данных в проекте будут использованы оригинальные данные, полученные с помощью метода полнотранскриптомного секвенирования RNA-Seq на образцах РНК из клеток линии Kasumi-1.
Статус: открыт.


Страница обновлена: 18.07.2018 09:57

Расписание 47 автобуса Расписание занятий Следуйте за белым кроликом...

 

Наверх Наверх Наверх 


На главную | © 2003-2019 Л. Валентович, П. Тумилович | Авторские права |