+ /     

Биологический факультет БГУ - Кафедра генетики.    

Сотрудники кафедры




Гринев Василий Викторович


Кандидат биологических наук, доцент.








Краткая биография | Педагогическая работа | Дипломные проекты | Научная работа | Публикации | Контактная информация

Дипломные проекты, предлагаемые Гриневым В. В. студентам очного отделения биологического факультета БГУ, связаны с аналитической транскриптомикой и нацелены на изучение организации и функционирования транскриптомов лейкозных и нормальных клеток крови человека. К участию в этих проектах приглашаются мотивированные студенты, которые предпочитают аналитическую работу экспериментальной, готовы углубленно изучать биологическую статистику, нацелены на освоение разнообразных методов биоинформатики, а также изучение языков программирования R и/или Python и написание собственных программных кодов. Для собеседования необходимо связаться с Гриневым В. В., воспользовавшись контактной информацией, либо обратившись к нему напрямую, посетив кафедру генетики.

Идентификация и аннотация интронов, сохраняемых в транскриптоме лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Краткое описание проекта.
Дипломный проект нацелен на совершенствование алгоритмов идентификации интронов, сохраняемых в зрелых молекулах РНК генов человека, по данным полнотранскриптомного секвенирования и всестороннего описания таких интронов. В проекте запланировано использование данных, получаемых на лейкозных клетках нашими колабораторами из Детского онкологического центра Вульфсона при Ньюкаслском университете (г. Ньюкасл, Великобритания), а также публичных данных по нормальным клеткам крови человека, которые доступны в репозиториях Gene Expression Omnibus, Sequence Read Archive или European Nucleotide Archive. Кроме того, проект предполагает проведение ограниченной экспериментальной работы на базе кафедры генетики по независимой валидации аналитических результатов с помощью качественной, а также количественной полимеразной цепной реакции.
Статус: проект выполняется.

Классификация альтернативных событий сплайсинга, произошедших в транскриптоме лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Краткое описание проекта.
Дипломный проект нацелен на разработку классификатора альтернативных событий сплайсинга относительно эталонных моделей организации генов человека. Проект предполагает использование данных полнотранскриптомного секвенирования, позволяющих идентифицировать все разнообразие событий сплайсинга, произошедших в транскриптоме изучаемых клеток. В качестве эталонных моделей будут использованы модели организации генов человека, доступные в базе данных Ensembl. Далее предполагается разработка классификатора, который позволит отнести идентифицированные события сплайсинга к тому или иному типу (или моде) альтернативного сплайсинга, сопоставляя их с моделями генов человека. Кроме того, предполагается, что идентифицированные события сплайсинга будут всесторонне описываться, а также будет проводиться сравнение разнообразия этих событий в транскриптомах лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Статус: проект выполняется.

Идентификация и аннотация открытых рамок считывания в молекулах РНК генов человека.
Краткое описание проекта.
Дипломный проект нацелен на дальнейшее совершенствование алгоритмов поиска белок-кодирующих последовательностей (открытых рамок считывания) в зрелых молекулах РНК генов человека. Предполагается, что в случае успешной реализации проекта будет разработан комбинированный подход, сочетающий в себе как классические статистические методы, так и алгоритмы машинного обучения в идентификации открытых рамок считывания. Такой подход может быть востребован для автоматического анализа транскриптомов, реконструируемых по данным полнотрансриптомного секвенирования. Кроме того, предполагается, что идентифицируемые открытые рамки считывания будут всесторонне описываться, а также будет проводиться сравнение таких последовательностей в транскриптомах лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Статус: проект выполняется.

Качественная и количественная характеристика событий сплайсинга, детектируемых на уровне зарождающихся РНК генов человека.
Краткое описание проекта.
В настоящее время в молекулярной биологии доминирует представление, что в клетках эукариот (в особенности высших эукариот) процессы транскрипции и сплайсинга сопряжены. Это значит, что молекула РНК подвергается процессингу, в том числе и сплайсингу, сразу же, по мере ее синтеза с участием РНК полимеразы. Такие молекулы РНК называют зарождающимися, или nascent RNA в англоязычной литературе. Изучение закономерностей сплайсинга зарождающихся РНК, как полагают, поможет лучше понять пути формирования зрелых молекул РНК. Предлагаемый дипломный проект нацелен на идентификацию, качественную и количественную характеристику событий сплайсинга, произошедших на уровне зарождающихся РНК в клетках линии Kasumi-1 человека. Кроме того, предполагается, что будет проведено сравнение событий сплайсинга, идентифицированных на уровне зарождающихся РНК, с таковыми, обнаруженными в зрелых молекул РНК этих же клеток. В качестве исходных данных в проекте будут использованы оригинальные данные, полученные с помощью метода полнотранскриптомного секвенирования RNA-Seq на образцах РНК из клеток линии Kasumi-1.
Статус: открыт.

Изучение закономерностей сплайсинга первичных РНК гена PTK2B в лейкозных и нормальных клетках крови человека.
Краткое описание проекта.
Ген PTK2B является членом мультигенного семейства PTK2B тирозинкиназ, которое, в свою очередь, входит в супергенное семейство PTK тирозин-специфичных протеинкиназ. Киназы, кодируемые членами мультигенного семейства PTK2B, играют важную роль в передаче внутриклеточных сигналов, а мутации в генах или изменение активности таких генов под влиянием немутагенных факторов приводят к развитию различных заболеваний у человека. Нами обнаружены патерны сплайсинга первичных РНК гена PTK2B, которые различаются в лейкозных и нормальных клетках крови человека. Потенциально обнаруженные различия могут приводить к образованию разных по структуре и функциональной активности белков, что, возможно, вносит свой вклад в развитие лейкозов у человека. Однако полученные нами результаты являются предварительными и требуют дальнейшей всесторонней биоинформатической и экспериментальной проработки, что и предлагается сделать в рамках данного дипломного проекта.
Статус: открыт.

Разработка алгоритма поиска сайтов связывания факторов сплайсинга в молекулах РНК человека.
Краткое описание проекта.
Дипломный проект предпогает последовательное решение следующих задач: 1) составление полного списка факторов сплайсинга, напрямую взаимодействующих с молекулами РНК человека; 2) создание базы позиционных весовых матриц для фактовов сплайсинга человека (либо через поиск уже опубликованных готовых матриц, либо через расчет новых матриц по опубликованным последовательностям РНК, с которыми связываются факторы сплайсинга); 3) разработка алгоритма расчета пороговых весов матриц, позволяющих надежно отличать истинные сайты связывания от ложных; 4) разработка быстрого алгоритма поиска сайтов связывания факторов сплайсинга в молекулах РНК человека с использованием весовых матриц. Проект является полностью биоинформатическим, без проведения экспериментальных исследований.
Статус: открыт.

Сравнительное изучение пропуска экзонов в транскриптомах лейкозных и нормальных клеток крови человека.
Краткое описание проекта.
Пропуск одного или нескольких кассетных экзонов является одной из основных мод альтернативного сплайсинга первичных РНК человека. Фенотипические последствия такого пропуска многообразны и, по-видимому, зависят от функционального типа пропущенного экзона, его положения в гене, а также специфики кодируемой этим экзоном полипептидной последовательности. Результаты наших предварительных исследований указывают на то, что данный тип альтернативного сплайсинга широко распространен в транскриптомах лейкозных и нормальных клеток человека. При этом, по-видимому, существуют качественные и количественные различия между нормальными и лейкозными клетками по этому признаку. Однако имеющиеся на данный момент результаты являются лишь предварительными и их дальнейшей проработке и предлагается посвятить настоящий дипломный проект. В рамках этого проекта планируется решение следующих задач: 1) идентификация пропусков экзонов в транскриптомах лейкозных и нормальных клеток человека по данным полнотранскриптомного секвенирования; 2) сравнительная качественная и количественная характеристика обнаруженных событий сплайсинга в нормальных и лейкозных клетках человека; 3) оценка функциональных последствий от пропуска экзонов. Предполагается, что для решения поставленных задач будут использованы в равной степени как экспериментальные молекулярно-генетические методы, так и компьютерные методы транскриптомики.
Статус: открыт.


Страница обновлена: 12.01.2020 13:50

Расписание 47 автобуса Расписание занятий Следуйте за белым кроликом...

 

Наверх Наверх Наверх 


На главную | © 2003-2020 Л. Валентович, П. Тумилович | Авторские права |