+ /     

Биологический факультет БГУ - Кафедра молекулярной биологии.    

Олиго Кальк: Программа для расчёта свойств олигонуклеотидов (праймеров)

Простая в использовании программа для определения температуры плавления, оптической плотности, молекулярного веса олигонуклеотидов.


Введите последовательность олигонуклеотида 

Нуклеотидный код (IUPAC)   


5'- -3'


Перевёрнутая комплементарная цепь (5' 3'):

5' модификация (если есть) 3' модификация (если есть) Выберите тип олигонуклеотида
        нM Праймер        Величина поглощения при 260 нм:
ОП расчитывается только для одноцепочечной ДНК или РНК
        мM Соли (Na+)



Физические константы 
Длина:
Молекулярный вес: (?)
Содержание GC: %
1 мл раствора с ОП равной при 260 нм является микромолярным (?) и содержит микрограмм(а) олигонуклеотида.

Расчёт температуры плавления (TM
°C
Простой метод (?)


°C
С корректировкой по концентрации солей (?)


°C
По алгоритму ближайших соседей (?)

Термодинамические константы (?

При условиях: 1 M NaCl при 25°C, pH 7.


RlnK cal/(°K*mol)

deltaH Kcal/mol
deltaG Kcal/mol
deltaS cal/(°K*mol)
Расчет вероятности образования шпилек и димеров праймеров (?
    (Минимальное количество пар оснований, необходимое для димеризации праймера)
    (Минимальное количество пар оснований, необходимое для образования шпильки)

Информация об OligoCalc опубликована в статье:
Kibbe WA. 'OligoCalc: an online oligonucleotide properties calculator'. (2007) / Nucleic Acids Res. 35(webserver issue): May 25. ( Abstract/Full text)

История версий (на англ.)
Таблица химических модификаций и их структуры (на англ.)

На эту страницу можно свободно ссылаться или распространять её в любых образовательных или некоммерческих целях.
Copyright Northwestern University, 1997-2008.

Самая последняя версия всегда доступна по адресу:

http://www.basic.northwestern.edu/biotools/OligoCalc.html


Олиго Кальк написан на ЯваСкрипте.


Адаптация и перевод на русский язык - Леонид Валентович, Владислав Латынский.
Свои замечания по поводу олигокалькулятора оставляйте в соответствующей теме форума.

Если у вас есть замечания, пожалуйста, пишите (на английском) автору:
Warren A. Kibbe, Ph.D.
Robert H. Lurie Comprehensive Cancer Center
Feinberg School of Medicine
Northwestern University
Chicago, IL 60611

Изначальный код написан Eugen Buehler (1996)
Research Support Facilities
Department of Molecular Genetics and Biochemistry
University of Pittsburgh School of Medicine

Код для проверки самокомплементарности и образования шпилек написан Qing Cao, M.S.
во время работы в Research Computing (1999-2001)
Northwestern University Medical School
Chicago, IL 60611

Код для расчета молекулярной структуры и веса написан Bob Somers, Ph.D.
at Glen Research Corporation


    Эту страницу загрузили раз с 18.01.2009


Primetech.by - Синтез праймеров для ПЦР в Минске, Флоуресцентные метки для ПЦР-РВ
Расписание 47 автобуса Расписание занятий Следуйте за белым кроликом...

  

Наверх Наверх Наверх 


На главную | © 2003-2017 Л. Валентович, П. Тумилович | Авторские права |