Сайт Биологического Факультета - версия для печати


Программа SigmoID - Кафедра молекулярной биологии Биологического факультета БГУ.


  Распечатать       
или вернуться       

 


Программа SigmoID

SigmoID


 

GitHub Программа SigmoID на GitHub

 

Программа SigmoID предназначена для поиска регуляторных последовательностей (промоторов, сайтов связывания транскрипционных факторов, Rho-независимых терминаторов) в бактериальных геномах и редактирования аннотации геномных последовательностей с учетом регуляторной информации.

Внешний интерфейс SigmoID – это GUI-приложение, созданное в среде разработки Xojo, что дает ему стандартный внешний вид во всех трёх поддерживаемых операционных системах (OS X, Linux и Windows). GUI создаёт оболочку для использования некоторых программ из пакетов HMMER, MEME Suite и TransTerm HP, которые непосредственно отвечают за поиск. Обработка результатов nhmmer, mast и TransTerm HP, преобразование форматов последовательностей и добавление регуляторных сайтов к аннотации геномов реализованы как отдельные скрипты на языке Python. Эти скрипты вызываются из GUI, однако могут быть легко использованы и отдельно, а также, по желанию, их можно интегрировать в конвейер аннотации. Подробная информация по установке предоставляется с дистрибутивами для каждой платформы. Исходный код всего приложения SigmoID доступен по лицензии GPL 2.0.


SigmoID позволяет:


Скачать последнюю версию программы "SigmoID"


Эта версия SigmoID включает два набора откалиброванных профилей для сайтов связывания транскрипционных факторов и промоторов, распознаваемых альтернативными сигма-факторами. Наборы оптимизированы для
1) пектолитических энтеробактериальных фитопатогенов из родов Pectobacterium и Dickeya и
2) представителей рода Pseudomonas.
Эффективность этих профилей для других бактерий будет ниже, однако при корректировке настроек они могут быть использованы для родственных бактерий. Для большинства бактерий из других семейств информация о многих сайтах связывания доступна через интегрированный доступ к RegPrecise.

 

 

Nikolaichik Y, Damienikan AU. (2016) SigmoID: a user-friendly tool for improving bacterial genome annotation through analysis of transcription control signals. PeerJ 4:e2056. https://doi.org/10.7717/peerj.2056

 

© 2014-2016 Е.А. Николайчик, А.В. Доменикан


© 2003-2017   Л. Валентович, П. Тумилович
Наш адрес: г. Минск, ул. Курчатова, 10, тел/факс. +375 (17) 209-58-08
Адрес для корреспонденции: пр. Независимости, 4, БГУ, Биологический факультет, 220030, г. Минск
http://www.bio.bsu.by