§ Обновление SQ для Linux

В связи с большим числом запросов на Linux-версию произошло обновление SQ для этой операционной системы до бета-версии. Решены многие вопросы с интерфейсом, ПЦР-модуль использует корректный термодинамический расчет температур плавления праймеров, много более мелких изменений. Как и раньше, на 64-битных системах требуется установка 32-битных библиотек. Подробности - на странице загрузки.
комментарии 0 # 20-12-2014, 20:38  /  Автор - Е.А.Николайчик

§ SQ 2 альфа 30

Новая версия SQ скомпилирована с использованием радикально обновленной среды разработки. Несмотря на более тщательное, чем обычно, тестирование, возможны неожиданные проблемы (которые постараюсь исправить как позволит время). Обновленный компилятор позволил использовать более современную (и чуть более качественную) графику в Windows и на макинтоше, а также выпустить первую Linux-версию. Linux-версию следует рассматривать как эксперимент по оценке спроса: проблем в ней хватает, но при наличии достаточного интереса она может быть "подтянута" до уровня двух других OC. Linux-версия тестировалась только в Ubuntu 12.04 и может не работать в других дистрибутивах.

Несмотря на существенные изменения кода в связи с обновлением компилятора для пользователя будут заметны только ликвидация некоторых графических проблем, поддержка прокрутки при помощи колесика мыши и тракпада, а также исправление известных критических багов. Относительно полный список изменений приведен ниже


SQ2 alpha 30 release notes

Improvements and changes:
- added scrolling support via trackpad and mousewheel
- same scrolling scheme is used for the editor, restriction and ORF maps
- Save picture now saves PNG on all platforms. For vector pictures print to pdf
- removed delay when selecting one of the many overlapping RE names
- in feature editor: hasArrow checkbox is disabled for ORFs, genes, terminators and promoters
- Standard mac help works again
- Mac version is finally a single bundle (and packaged in a dmg image for distribution)
- All application data (including vector sequences and enzyme data) is now stored in ~/Library/Application Support/SQ (on a mac)
- Windows version uses updated graphics framework which should result in better looking maps

Bugs fixed:
- [Windows] Reverse complementing sequence doesn't give an error
- [Windows] Incomplete map redraw when switching from circular to linear map is fixed
- [Windows] "Find" function used to deactivate the editor, so search results were hard to see
- [Windows] Maps display correctly when switching from circular to linear map
- Resizing a map when a feature (or RE name) is selected doesn't leave the selection rectangle in the wrong place
- Scrollbars now work when window dimensions are less than those of the map
- Scrollbars are positioned properly on new maps
- Opening PCR product in a new window: window menu is now handled properly
- Replaced the corrupted pBluescriptIIKS-.gbk file
- When a feature is edited, map display isn't updated (update happens the next time it's edited)
- Fixed an error in "OpenPrimersFile" when opening just saved primers file on windows
- enzymes can now be safely removed from a map (which previously caused many problems)
- double-clicking the primers file on mac now should properly open it in SQ (make sure older SQ versions are removed, otherwise they can be launched)
- Textmap is displayed correctly on a mac
комментарии 5 # 28-06-2013, 00:16  /  Автор - Е.А.Николайчик

§ SQ 2 альфа 29

В этой сборке улучшены клонирование, печать и работа с аннотированными последовательностями. Основные изменения перечислены ниже.

Нововведения:
- Функция "Обратно-комплементарная цепь" сохраняет аннотацию
- Повышено (примерно до 300 dpi) разрешение печатаемой графики. Еще большее разрешение можно по-прежнему получить, увеличив карту до 800% перед печатью
- Текст с отличной от романской кодировкой корректно сохраняется и отображается
- Обновлены (и при необходимости скорректированы) карты плазмид в папке "Vectors"
- добавлен shortcut Command-D (Control-D) для кнопки "Don't save" в окне подтверждения сохранения изменений
- окно "Ферменты" видно теперь только при активном окне с последовательностью

Исправления:
- Исправлена редкая Windows-only проблема с открытием Genbank-файлов
- Исправлено несколько ошибок, связанных с процедурой клонирования (клонирование в одиночный сайт, клонирование по совместимым концам)
- Исправлено зависание программы при выборе среднего размера икон на панели инструментов
- восстановлена случайно отключенная в одной из прошлых версий печать текстовых закладок
- Изменение названия открытого файла отражается в меню "Окна"
комментарии 5 # 28-02-2013, 22:48  /  Автор - Е.А.Николайчик

§ SQ 2 альфа 28

В этой сборке существенно улучшена карта рамок считывания, а именно:
- карту можно масштабировать
- добавлены полосы прокрутки
- выделенную рамку можно скопировать или транслировать, причем ее ориентация будет учтена
- добавлено контекстное меню
- полностью синхронизировано выделение последовательности между редактором и двумя графическими картами
- нумерация рамок считывания идентична таковой на текстовой карте
- существенно снижены затраты оперативной памяти на отображение карты рамок считывания

Другие изменения:
- текстовая карта сохраняет пположение прокрутки после изменения параметров, а при первом показе прокручена в начало, а не в конец
- изменено расположение файла настроек (SQ.ini) для Windows (из-за системных ограничений в последних версиях Windows). Теперь это файл расположен по адресу \user\AppData\Roaming\ для win7 и \user\Application Data\ для WinXP

Исправлен также ряд мелких ошибок. Полный список изменений - в файле Release Notes (a28)
комментарии 9 # 19-12-2012, 16:51  /  Автор - Е.А.Николайчик

§ SQ 2 альфа 27

В этой версии – несколько исправлений + "переезд" результатов проверки праймеров из отдельного окна во вкладку.

Изменения
  • Результаты PCR теперь во вкладке (как и все остальные результаты анализа), а не в отдельном окне
  • Пустое окно редактора, по умолчанию открывающееся после запуска, закрывается при открытии другого файла
Исправления:
  • Исправлено смещение курсора в редакторе при изменении размера окна и вставке последовательности
  • Исправлено смещение (на 1 н.п.) выделяемой в редакторе (в результате поиска или при клике на ORF) последовательности
  • Снова работает виртуальное клонирование
  • Исправлена проблема с инактивацией редактора после открытия дополнительных вкладок
  • Исправлены OS-специфичные проблемы с открытием файлов в genbank-формате.
  • Несколько специфичных для OS X исправлений
комментарии 3 # 24-07-2012, 09:27  /  Автор - Е.А.Николайчик
2 3 4 5 6 7

Скачать последнюю версию

sq2a30.zip
Windows version - 7120 Кб. (27.06.2013)

Mac and Linux versions   |   Документация


Смотрите также: Олиго Кальк: Программа для расчёта свойств олигонуклеотидов (праймеров)

Биологический факультет БГУ