Научно-исследовательская лаборатория гидроэкологии как структурное подразделение биологического факультета существует с 1991 г. Однако фактически датой создания лаборатории следует считать 1965 год, когда решением Коллегии Комитета по координации НИР при Совете Министров СССР (приказ № 19 от 25.03.64 г.) при Белгосуниверситете была организована Проблемная НИЛ экспериментальной биологии (ЛЭБ). Основным ядром ЛЭБ являлась гидробиологическая группа, которая впоследствии трансформировалась в сектор гидробиологии, а после реорганизации ЛЭБ в НИЛ гидроэкологии.
Первым руководителем, а по существу и организатором Лаборатории экспериментальной биологии был заведующий кафедрой зоологии беспозвоночных, выдающийся ученый-гидробиолог с мировым именем, профессор Г.Г. Винберг (в последующем член-корреспондент АН СССР), основатель белорусской школы гидробиологов.
Основным направлением работ лаборатории стало изучение механизмов трансформации вещества и энергии в водных экосистемах как основы формирования качества вод, и продуктивности водоемов.
С переходом Г.Г.Винберга в Ленинград (ЗИН АН СССР) в 1967 г. лабораторию возглавил А.П.Остапеня. Благодаря его усилиям сохранилось и основное продукционно-энергетическое направление исследований, подтвердившее свою эффективность при решении фундаментальных и прикладных задач гидроэкологии.
Первыми сотрудниками лаборатории стали выпускники и аспиранты биологического факультета, ученики Г. Г. Винберга: А. П. Остапеня, Р. 3. Ковалевская, A. П. Павлютин, Н. М. Крючкова, Т. М. Михеева, П. С. Невядомская, Г. А. Инкина, B. А. Бабицкий, Э. П. Ракицкий. Этот небольшой коллектив оставался ядром группы гидробиологов на долгие годы. Позже в коллектив влились и плодотворно работали Т. В. Жукова, Э.П.Жуков и Т. А. Макаревич.
С момента создания усилия лаборатории были сконцентрированы на решении важных задач теоретической и прикладной гидроэкологии. Особое внимание уделялось изучению первичной продукции планктона как важнейшего звена биотического круговорота в водных экосистемах, определяющего формирование качества воды и рыбопродуктивность водоемов. Большой вклад внесла лаборатория в разработку основных методов расчета продукции водных животных, которые на много лет вперед определили прогресс продукционной гидробиологии.
В настоящее время, как и в прошлые годы, исследования лаборатории направлены на решение ряда фундаментальных и прикладных проблем современной гидроэкологии. Среди них: роль сестона и детрита в функционировании водных экосистемизменение структуры фитопланктонного сообщества при эвтрофировании и деэвтрофировании озер; взаимоотношения фито- и зоопланктона; структура бактериопланктона; биоразнообразие сообществ гидробионтов; значение перифитона в функционировании озерных систем; значение соотношения внешней и внутренней нагрузки в процессах эвтрофирования озер; взаимодействие водной толщи и донных отложений; роль биологических процессов в седиментации взвешенных веществ, влияние биологических инвазий на водные экосистемы; дистанционная диагностика цветений фитопланктона с использованием технологий дистанционного зондирования Земли.
Особое место в деятельности лаборатории занимает изучение механизмов функционирования озерных экосистем, и формирования качества вод в озерах. Основным полигоном этих исследований служат разнотипные озера Нарочанской группы. Исследования проводятся на базе Нарочанской биологической станции, которая является полевым стационаром НИЛ гидроэкологии.
Фактически лаборатория и Нарочанская биологическая станция - единый научный комплекс. Важным результатом совместной деятельности НИЛ гидроэкологии и НБС являются многолетние круглогодичные мониторинговые наблюдения на озерах Нарочь, Мястро и Баторино. Считанные водоемы мира имеют столь длинные ряды наблюдений. Эти материалы, без всякого сомнения, представляют огромную научную и практическую ценность, поскольку только на их основе возможен достоверный анализ состояния водных экосистем, понимание механизмов их функционирования, а также прогноз изменений, обусловленных антропогенным воздействием. На основе этих материалов разработаны практические рекомендации по сохранению природных особенностей озера Нарочь. Реализация этих рекомендаций позволила предотвратить угрозу эвтрофирования и деградации этого уникального водоема - национального достояния Беларуси.>
На всех этапах своего существования лаборатория тесно связана с учебным процессом. На ее базе проходят практику и выполняют курсовые и дипломные работы студенты, специализировавшиеся в области гидробиологии. Подготовленные в лаборатории специалисты, многие из которых защитили кандидатские и докторские диссертации, плодотворно работают в различных научных и учебных учреждениях не только Беларуси, но и других стран ближнего и дальнего зарубежья.
C 1999 года сотрудниками НИЛ гидроэкологии, Нарочанской биологическая станция им. Г.Г.Винберга и научного отдела Государственного природоохранного учреждения Национальный парк "Нарочанский" издается ежегодный "Бюллетень экологического состояния озер Нарочь, Мястро, Баторино". Публикуемые в "Бюллетене" материалы дают оперативную информацию о современном экологическом состоянии и качестве воды озер. Он включает материалы, характеризующие кислородный режим, режим биогенных элементов и взвешенных веществ, видовой состав и количественное развитие планктонных сообществ, уровень продукционно-деструкционных процессов, сведения о количестве отдыхающих на побережье оз.Нарочь, о вылове рыбы в Нарочанских озерах.